二手離子色譜系統的構成與HPLC相同，儀器由流動相傳送部分、分離柱、檢測器和數據處理4個部分組成，在需要抑制背景電導的情況下通常還配有MSM或類似抑制器。其主要不同之處是IC的流動相要求耐酸堿腐蝕以及在可與水互溶的有機溶劑（如乙腈、甲醇和丙酮等）中不溶脹的系統。因此，凡是流動相通過的管道、閥門、泵、柱子及接頭等均不宜用不銹鋼材料，而是用耐酸堿腐蝕的PEEK材料的全塑IC系統。離子色譜的重要的部件是分離柱。柱管材料應是惰性的，一般均在室溫下使用。柱和殊性能分離柱的研制成功，是離子色譜迅速發展的關鍵。
離子色譜的分離機理主要是離子交換，有3種分離方式，它們是離子交換色譜（HPIC）、離子排斥色譜（HPIEC）和離子對色譜（MPIC）。用于3種分離方式的柱填料的樹脂骨架基本都是苯乙烯-二乙烯基苯的共聚物，但樹脂的離子交換功能基和容量各不相同。HPIC用低容量的離子交換樹脂，HPIEC用高容量的樹脂，MPIC用不含離子交換基團的多孔樹脂。3種分離方式各基于不同分離機理。HPIC的分離機理主要是離子交換，HPIEC主要為離子排斥，而MPIC則是主要基于吸附和離子對的形成。
二手離子色譜系統的信號控制是指利用色譜工作站的硬件和軟件系統可以輸出前面提出的三種控制信號，根據被控儀器的要求，編制程序文件，適時輸出控制信號，使各儀器間達到同步運行的目的一種控制方式。
二手離子色譜系統的網絡控制是近幾年來發展快的一種方式，也是將來發展的趨勢。隨著網絡技術的飛速發展，變得越來越小，各儀器公司之間，各行業之間的交流越來越多。使用局域網的連接方式除了可以方便地對多臺離子色譜儀實施控制，更主要的是可以利用網絡的點將數據、信息、資料等直接傳輸到網絡上，為數據格式的統一化，資源的共享化提供了技術保證。
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